Сюжет сериала «Аллигатор» разворачивается в Алма-Ате в 1943 году. Пока на передовой кипит война, далекий казахский город принимает десятки эвакуированных заводов и фабрик, становясь индустриальным сердцем советского тыла. В этот хаотичный мир прибывают майор контрразведки Борис Стариков и капитан Вадим Турчин из Москвы. Их миссия — остановить волну бандитизма и диверсий, захлестнувших город. Расследуя убийство директора стратегически важного завода, они выходят на след банды, торгующей оружием у дезертиров. Вскоре Стариков и Турчин осознают, что за преступлениями скрывается нечто большее, чем уголовщина. Слухи о таинственном немецком агенте, координирующем банды, наводят на мысль о тщательно спланированной операции, направленной на подрыв советского тыла изнутри.